OBS inicial: O serviço de prestação em desacordo deve ser feito por parte do tomador do serviço, para que o conhecimento substituto seja autorizado. Antes de tentar fazer o CT-e, confirmar se o desacordo foi feito. Caso não, pedir para o tomador fazer isso no sistema dele.

Para emitir um conhecimento de frete substituto, ou CT-e de substituição, devemos ir em Comercial > Faturamento > Emitir Conhecimento de frete. 

Já na tela em questão, devemos preencher os campos de ‘chave NF-e’. Na sequência irá aparecer uma tela para inserir mais informações complementares, que também devem ser preenchido o máximo que conseguir, mas ICMS e outros impostos não tem necessidade, pois será referenciado outro CT-e. Segue imagem do campo complementar citado:

Na sequência preenchemos volume (quantidade na nota) e Frete% (Por exemplo, 0,14 centavos ou porcentagem direta, essa informação é obrigatória), e marcar o checkbox ‘CT-e Substituto’. Segue print da tela mencionada:

Por último devemos preencher corretamente os campos do conhecimento de frete, tomando cuidado para não errar mais, pois a substituição de um ct-e só pode ser feita uma única vez.

Informações adicionais importantes:

CT-e substituto pode gerar financeiro, pois uma substituição está dizendo que o anterior não vale mais, ou seja, você está fazendo outro conhecimento de frete, e este por sua vez também terá custo. OBS: Devem ser excluídos manualmente o financeiro gerado anteriormente, o sistema não exclui.

Atenciosamente,

Equipe de suporte SW.